Qualora durante la vita dell’ente si verifichi un mutamento sostanziale nel fine, nella destinazione dei beni e nel modo di esistenza dell’ente medesimo, se esso comporta la perdita di uno dei requisiti prescritti per il riconoscimento della personalità giuridica, tale riconoscimento viene revocato con decreto del Ministro dell’interno, sentita l’autorità confessionale e udito il parere del Consiglio di Stato.
La soppressione o l’estinzione dell’ente per altre cause, invece, per quel che riguarda gli enti cattolici ed ebraici, acquistano efficacia civile mediante iscrizione nel registro delle persone giuridiche del provvedimento dell’autorità confessionale competente che sopprime l’ente o ne dichiara l’avvenuta estinzione. L’iscrizione è disposta con decreto del Ministro dell’interno, il quale provvedere anche in merito alla devoluzione dei beni dell’ente soppresso o estinto.
Vi sono infine enti trasformati o soppressi per legge (es. Chiesa evangelica metodista d’Italia trasformata in istituto autonomo dell’ordinamento valdese).