Anche essi sono enti pubblici ma sono indipendenti dallo Stato poiché rappresentativi delle collettività di riferimento (rispettivamente, quelle regionali, provinciali e comunali) e sono, conseguentemente, titolari anche di poteri di indirizzo politico-amministrativo.
Gli enti pubblici autonomi, inoltre, a differenza degli altri enti pubblici nazionali, trovano la loro disciplina di base nella Costituzione. Questa, infatti, prima, dispone che «la Repubblica, una e indivisibile, riconosce e promuove le autonomie locali» (art. 5). Poi, dedica a regioni ed enti locali l’intero titolo V (art. 114-133). L’an. 114, in particolare, qualifica questi enti, così come lo Stato, elementi costitutivi della Repubblica. Si comprende, quindi, che gli enti autonomi hanno rilevanza costituzionale e fanno parte dell’assetto fondamentale della Repubblica.
Di seguito, si tratta degli enti autonomi di maggiore importanza, le regioni, le province e i comuni: l’attenzione si concentra sulla rispettiva organizzazione di governo e amministrativa, non, invece, sui profili di tipo funzionale, già esaminati in precedenza quando si è trattato degli enti pubblici in generale.
Tuttavia, nell’ambito di questi enti, si sono costituiti altri organismi, che hanno minore importanza, talvolta sono in via di sperimentazione, e non sono diffusi su tutto il territorio: i consorzi, ai quali già si è accennato, formati soprattutto da comuni e province, per la gestione associata di uno o più servizi e l’esercizio di funzioni; le unioni di comuni, costituite da due o più comuni contermini per esercitare congiuntamente una pluralità di funzioni di loro competenza; le comunità montane, unioni di comuni montani o parzialmente montani, con compiti di valorizzazione delle zone montane; le città metropolitane (previste dalla Costituzione e dalla legge, ma non ancora costituite) le quali, previa delimitazione della rispettiva area metropolitana, acquisiscono tutte le funzioni della provincia in quella medesima area; i municipi, la cui istituzione può essere prevista dagli statuti dei comuni derivanti dalla fusione di due o più comuni contigui.