L’unione europea dispone, secondo l’art. 13 del TUE, di <un quadro istituzionale che mira a promuoverne i valori, perseguirne gli obiettivi, servire i suoi interessi, dei suoi cittadini e quelli degli Stati membri, garantire la coerenza, l’efficacia e la continuità delle sue politiche e delle sue azioni>. Di questo quadro istituzionale fanno parte: il Parlamento europeo, Consiglio europeo, Consiglio, Commissione europea, Corte di giustizia, Banca centrale europea e Corte dei conti.
Alle istituzioni delle originarie Comunità europee si sono progressivamente affiancati ulteriori organi, nati sulla base di decisioni prese a livello dei Trattati, ma anche di decisioni autonome delle stesse istituzioni. Si sono moltiplicati gli organi istituiti da atti del Consiglio (o del Consiglio e del Parlamento), dando vita a un fenomeno direttamente proporzionale alla crescita dei compiti di amministrazione diretta che l’Unione ha di sua competenza; l’assunzione di tali compiti è stata accompagnata dal decentramento di quelle stesse funzioni in capo ad organi appositamente istituiti per svolgere un ruolo per certi versi simile a quello delle agenzie indipendenti.
All’interno del sistema si riflettono varie forme di rappresentanza, nonché la pluralità delle funzioni proprie dell’Unione. Benché quasi tutti nominati dai governi degli Stati membri (Consiglio e Consiglio europeo), gli altri organi del sistema si caratterizzano per una composizione indipendente da questi, nel senso che i loro membri non rappresentano il governo del paese di appartenenza, ma fanno parte dell’organo a titolo personale.
Altri organi esprimono nel funzionamento del processo di integrazione europea, interessi e istanze nazionali diversi da quelli governativi. Accanto all’organo a rappresentanza popolare (il Parlamento europea) si hanno organi rappresentativi delle istanze del decentramento (il Comitato delle regioni), o degli interessi di categoria(il Comitato economico e sociale) o delle banche centrali nazionali (la Banca centrale europea). Il compito di questi organi non si esaurisce nella mera rappresentanza di quegli interessi ed istanze a livello del sistema istituzionale; essi al contrario contribuiscono al funzionamento di quel sistema, arrivando ad assolvere funzioni analoghe a quelle proprie, sul piano nazionale, delle istanze da essi rappresentate. Un esempio la Banca centrale europea, organo tecnico sottratto al controllo o alle altre istituzioni e degli stessi Stati membri, ha la funzione di governo della moneta all’interno dell’Unione economica e monetaria, funzione che essa esercita in uno schema di reciproca indipendenza dalle istituzioni politiche analogo a quello di regola operante nei sistemi nazionali.
Il potere normativo è in buona parte condiviso da Consiglio e Parlamento europeo nel quadro di un triangolo istituzionale che riserva un ruolo essenziale alla Commissione. Il potere esecutivo, esercitato dal Consiglio e dalla Commissione. La funzione giurisdizionale inizialmente concentrata nelle mani di un solo organo giurisdizionale: alla Corte di Giustizia si è aggiunta la possibilità di creare <tribunali specializzati..incaricati di conoscere categorie di ricorsi proposti in materie specifiche> e le cui decisioni saranno impugnabili dinanzi al Tribunale. Per quanto riguarda la politica estera e di sicurezza comune mantiene anche con nuovi trattati la caratteristiche istituzionali di sempre; tutto ruota intorno al ruolo delle istituzioni composte dai governi, il Consiglio europeo ed il Consiglio, mentre le atre istituzioni vi giocano un ruolo marginale se non altro in rapporto alla portata di quello che è loro proprio nel funzionamento complessivo dell’Unione. L’intervento del Parlamento europeo, sulle decisioni relative agli altri settori di attività, è ridotto qui a una generica consultazione da parte dell’Alto rappresentante per gli affari esteri e la politica di sicurezza sulle scelte fondamentali. Per la Commissione viene meno la sua generale funzione di vigilanza sul rispetto del diritto, così come il potere di iniziativa, che può solo <appoggiare> le proposte formulate dall’Alto rappresentante. Quanto alla Corte di Giustizia, oltre chiaramente pronunciarsi sulla legittimità delle decisioni che prevedono misure restrittive nei confronti di persone fisiche o giuridiche adottate dal Consiglio a titolo di sanzioni internazionali, esse si vede riconoscere solo una competenza indiretta sulle decisioni della PESC, attraverso il controllo sulla non interferenza tra l’azione delle istituzioni svolta in attuazione della stessa PESC e quella svolta in attuazione delle altre politiche ed azioni dell’Unione.