Il procedimento si svolge attraverso le seguenti fasi:
a) notifica all’amministrazione e ai controinteressati: il ricorso deve essere notificato ad almeno uno dei controinteressati, salva la successiva integrazione agli altri controinteressati nel termine fissato dal ministero che istruisce il ricorso. Non è invece richiesta la notifica all’autorità che ha emanato l’atto, quando questa appartenga ad una amministrazione statale, in base alla considerazione che il deposito del ricorso presso il ministero competente rende superflua la notifica all’amministrazione;
b) deposito: il deposito può avvenire indifferentemente:
1) presso il ministero – si tratta di quel ministero a cui fa capo, direttamente o indirettamente, l’autorità che ha emanato l’atto impugnato, in ragione della materia che forma oggetto dell’atto stesso e dei poteri che con l’atto sono stati esercitati. Per gli atti pubblici per i quali manchi uno specifico collegamento alla competenza di un determinato ministero il ricorso va presentato alla presidenza del consiglio;
2) presso la sede dell’organo che ha emanato l’atto : il deposito presso la stessa autorità che ha emanato l’atto è ammesso, anche nella ipotesi in cui sia impugnato l’atto di un organo periferico non dipendente gerarchicamente da un ministero;
3) presso la sede dell’ente pubblico che ha emanato l’atto : il deposito potrà avvenire presso la sede ufficiale dell’amministrazione.
Successivamente al deposito del ricorso, è ammessa la proposizione di motivi aggiunti.
Il deposito può essere effettuato sia mediante consegna diretta, sia mediante raccomandata con avviso di ricevimento. La data di ricezione, nel primo caso, risulta dalla ricevuta che l’ufficio è tenuto a rilasciare; nel secondo caso, risulta dal timbro apposto dall’ufficio postale di spedizione;
c) presentazione delle deduzioni: i controinteressati possono depositare le loro deduzioni entro 60 giorni dalla notificazione del ricorso, eventualmente allegando documenti a sostegno delle loro eccezioni. Il termine di 60 giorni non deve però considerarsi perentorio nel senso che se anche queste pervengano fuori termine, l’autorità investita dell’istruttoria dovrà tenerne conto se nel momento in cui pervengono non sia già stata conclusa l’istruttoria con l’emissione del parere del Consiglio di Stato.
I controinteressati possono, entro lo stesso termine di 60 giorni, proporre anche un ricorso incidentale e cioè chiedere che l’atto venga annullato in una parte o per motivi diversi da quelli per i quali è stato chiesto l’annullamento da parte del ricorrente principale. L’autorità che ha emanato l’atto è tenuta a fornire le deduzioni al ricorso.
Le deduzioni dei controinteressati e dell’autorità amministrativa non devono essere portate a conoscenza del ricorrente, tuttavia quest’ultimo può esercitare il diritto di accesso al fine di prendere visione ed ottenere copia delle deduzioni avversarie, al fine di presentare eventuali memorie di replica;
d) istruttoria da parte del ministero competente : il ricorso viene istruito da ministero “competente”; nel caso in cui difetti uno specifico collegamento con la competenza di un determinato ministero, l’istruttoria viene devoluta alla presidenza del consiglio.
Il ministro deve nominare un responsabile del procedimento, il cui nominativo dovrà, su richiesta, essere comunicato alle parti.
La durata massima dell’istruttoria è fissata in 180 giorni ed entro tale termine il responsabile del procedimento dovrà redigere la relazione da trasmettere al Consiglio di Stato.
e) eventuale sospensiva del provvedimento impugnato : il provvedimento impugnato con il ricorso straordinario può essere sospeso, oltre che di ufficio dall’autorità emanante, anche dall’autorità decidente, su domanda del ricorrente. La sospensione è disposta con provvedimento motivato del ministro competente, su parere conforme del Consiglio di Stato.
f) parere del Consiglio di Stato : conclusa l’istruttoria, il ministero competente deve trasmettere gli atti e i documenti, unitamente alla relazione, al Consiglio di Stato per il prescritto parere. Il parere è espresso dalla sezione consultiva competente, a cui il ricorso è assegnato da parte del presidente del Consiglio di Stato.
Una volta che il parere sia stato emesso e trasmesso al ministro competente, il Consiglio di Stato consuma il proprio potere consultivo e non potrà più riesaminare il proprio parere, neanche su invito del ministro stesso, alla luce di nuove deduzioni o di nuovi documenti, all’infuori delle ipotesi in cui è ammesso il ricorso per revocazione;
g) decisione : il ricorso straordinario viene deciso con decreto del Presidente della Repubblica, su proposta del ministro competente in base al parere del Consiglio di Stato. Il parere del Consiglio di Stato è non solo obbligatorio, ma anche parzialmente vincolante, nel senso che se il ministro competente intenda proporre una decisione difforme, egli dovrà investire della questione il Consiglio dei Ministri e solo a seguito di deliberazione conforme di quest’ultimo, il Presidente della Repubblica potrà disattendere il parere del Consiglio di Stato.
La decisione è adottata con decreto presidenziale adeguatamente motivato; il decreto va sottoposto al visto della Corte dei Conti, la quale deve limitarsi a sindacare solo la legittimità estrinseca del provvedimento presidenziale.
L’amministrazione è tenuta a comunicare al ricorrente, unitamente alla decisione, il parere emesso sul ricorso stesso dal Consiglio di Stato.
La decisione di accoglimento del ricorso esplica l’efficacia di annullamento del provvedimento impugnato. Tale annullamento ha efficacia limitata inter partes, ma esplica un’efficacia erga omnes per gli atti indivisibili e per gli atti regolamentari. E’ appunto, in relazione a tale efficacia, che è prescritta la pubblicità nelle stesse forme previste per gli atti annullati dei decreti di decisione di annullamento di “atti amministrativi generali a carattere normativo”.