Di particolare rilevanza qui è rilevare la natura giuridica del negozio da assoggettare a tributo nonché le dimensioni economiche del presupposto impositivo sui cui applicare l’imposta. Infatti per quando riguarda l’imposta di registro, l’attività di accertamento è diretta a verificare la congruità dei valori su cui si applica l’imposta (nei casi in cui non è applicata in misura fissa) individuandosi la natura giuridica nell’atto in sede d’applicazione dell’imposta in sede di registrazione. Ex 52 DPR 131/1986 , se l’ufficio ritenga che i beni trasferiti abbiano un valore venale superiore a quello dichiarato, provvede con lo stesso atto alla rettifica e alla liquidazione della maggiore imposta dovuta. Di conseguenza l’avviso di accertamento in materia di imposta di registro ha un contenuto sia di rettifica della base imponibile che di liquidazione dell’imposta. La motivazione dell’atto deve essere tale da consentire al contribuente di ripercorrere l’iter logico-giuridico che l’ufficio ha seguito nell’effettuare la rettifica: per la giurisprudenza, quest’obbligo di motivazione trae origine dalla tutela del diritto di difesa del contribuente (che dall’esame delle indicazioni contenute nell’atto deve essere in grado di valutare adeguatamente fondatezza e legittimità della pretesa fiscale, ai fini delle successive determinazioni). La legge ha portato riforme recentemente per quanto riguarda l’accertamento in materia d’imposta di registro con riferimento al settore delle operazioni immobiliari: ex 5°bis del 52 d.l. 223/2006 la preclusione all’accertamento ( di cui al 4°) non troverà più applicazione per le cessioni immobiliari diverse da quelle con oggetto immobili ad uso abitativo e relative pertinenze effettuate da persone fisiche che non agiscono nell’esercizio d’attività commerciali, artistiche, professionali. Termini: 3 anni dal pagamento dell’imposta principale. Se però è stato l’Ufficio e non il contribuente a provvedere alla registrazione, l’Ufficio può notificare l’avviso di liquidazione entro 5 anni dalla data in cui la registrazione doveva farsi.
La legge, anche nel caso dell’accertamento in materia di accise e di imposte doganali, prevede una disciplina d’accertamento che presenta caratteri di complessità, in quanto tende a combinare attività di controllo con quella di rettifica, anche ad iniziativa del contribuente, prevedendo una serie di rimedi di tipo amministrativo variamente articolati. Fra l’altro gran parte delle violazioni ha natura penale: l’esercizio dell’azione penale sospende l’attività d’accertamento e interrompe la prescrizione, quindi il giudice penale avrà la determinazione definitiva dell’imposta nella sentenza di condanna, che costituisce titolo per riscuotere il tributo.