Accanto alla generale funzione di vigilanza svolta della Commissione, forme più specifiche di controllo sul funzionamento dell’Unione sono svolte dal: controllo giurisdizionale esercitato dalla Corte di Giustizia dell’Unione europea e il controllo contabile svolto dalla Corte dei conti.
La Corte dei conti è incaricata del controllo esterno sui conti dell’Unione, della cui istituzioni, organi ed organismi esamina le entrate e le spese. Tale controllo riguarda tutte le spese effettuate nel quadro delle attività dell’Unione, con eccezione del settore militare e della difesa. Essa è composta da un cittadino per ciascuno Stato membro che nominato su proposta di questo, ne fa parte a pieno titolo personale, essendo tenuto ad esercitare a sue funzioni in piena indipendenza e nell’interesse generale dell’Unione.
I membri devono provenire dalle istituzioni di controllo esterno dei rispettivi paesi o comunque essere dotati di qualificazioni specifiche; essi sono nominati per sei anni (rinnovabili) dal Consiglio che delibera a maggioranza qualificata, previa consultazione del Parlamento europeo, e sulla base della proposte presentate da ciascuno Stato membro. Il Parlamento europeo procede ad una audizione dei singoli candidati. Il parere del Parlamento rimane non vincolante per il Consiglio.
Altre al decesso, la fine anticipata del mandato di un membro può aversi per dimissioni volontarie o decadenza dichiarata dalla Corte di Giustizia per il venir meno dei requisiti necessari o per violazione dei propri obblighi istituzionali.
La Corte ha sede a Lussemburgo, nomina al suo interno un presidente che resta in carica per tre anni, rinnovabili. Essa adotta anche il proprio regolamento interno, soggetto, in contraddizione con il carattere di istituzione della Corte e l’autonomia che ne dovrebbe derivare, all’approvazione a maggioranza qualificata da parte del Consiglio.
La Corte dei Conti svolge una duplice funzione, di controllo e consultiva. Per la prima, essa compie un riesame delle entrate e delle spese delle istituzioni e degli organi ed organismi dell’Unione; a questo fine può svolgere le indagini necessarie presso i locali delle altre istituzioni, di qualunque organismo di gestione entrate e spese dell’Unione e di qualunque persona fisica o giuridica che riceva contribuiti a carico del bilancio delle stessa, e tali soggetti sono tenuti a trasmettere alla Corte ogni documento o dato utile allo scopo.
Al termine di ciascun esercizio essa rediga una relazione annuale sull’esecuzione del bilancio, alla quale di aggiungono relazioni specifiche su organismi dell’Unione, in particolare le agenzie. La funzione consultiva si esprime in pareri che la Corte può produrre di propria iniziativa o su richiesta di una delle altre istituzioni dell’Unione. In due casi tale richiesta è anzi obbligatoria perché prevista dai Trattati: la mancanza del parere di carattere non vincolante, rende illegittimo l’atto per la cui adozione sia previsto.